三證合一政策除了在企業證照方面有所改變之外，企業還需多加注意，因企業證照的更換將直接對企業注銷方面有影響。那么在三證合一政策下，在深圳辦理公司注銷需要注意哪些問題呢？
一、尚未進行營業執照變更的企業該如何進行注銷？
我國為企業更換新版營業執照留留有過渡期，企業只要在2015年10月1日至2017年10月1日這段時間內完成變更即可。在過渡期內未進行“三證合一、一照一碼”營業執照更換的企業，按照原規定進行企業注銷手續辦理就可以了。
二、改革后新成立的或已變更證照的企業，進行企業注銷有什么需要注意的地方？
（1）三證合一后企業進行注銷登記時，需要向稅務主管機關進行清稅申報，需填寫《清稅申報表》。
（2）清稅申報需要分別向國稅、地稅稅務主管機關提交申請，但沒有順序要求，企業可任意選擇一方先做清稅申報。
（3）一方稅務機關受理后，需將企業清稅申報信息同時傳遞給另一方稅務機關。
（4）清稅完畢后，稅務機關需及時將清稅結果反饋給受理稅務機關。受理稅務機關會對國稅和地稅具的清稅結果進行審核評估，審核通過后會向納稅人統一出具一份《清稅證明》。
（5）稅務機關在處理納稅人清稅申報時，若發現納稅人存在疑點，企業可提供稅務中介服務機構出具的鑒證報告來證明企業的清白。
三證合一的制度改革，使一系列的流程都會有所變化，公司注冊流程跟其他事項的變更流程，因為材料等各方面都發生了變化，所以我們最好先進行基本的了解
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