中小企業在增值稅管理中有時很難獲得逾期的增值稅抵扣憑證。在國家研究所
金融事務
局《關于進一步完善增值稅、營業稅有關涉稅事項和做好公告的方案》(由國家
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局公告2017年第36號(以下簡稱“公告36號”)，中小企業應遵循《商務部關于抵扣增值稅抵扣憑證滯納金的公告》(2011年第50號公告，以下簡稱“公告50號”)。納稅人應注意以下幾點:36號公告對50號公告的部分明確規定做了如下修改，從2018年1月1日起，對逾期的中小企業增值稅抵扣憑證按修改后的明確規定執行。
01.根據50號公告，明確規定抵扣憑證逾期并經主管稅務機關審核，報商務部認證，經審核核對后與配套增值稅抵扣憑證進行比對，允許納稅人繼續抵扣進項稅額。公告第36號修改為“經主管稅務機關審核后逐級上報，再經省級國稅局審核審核后比對配套增值稅抵扣憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額”，審批權限由商務部下放至省級國稅局。看起來分散化有利于縮短并發操作的時間規模，提高效率。
適用于02號、50號公告的抵扣憑證包括“增值稅專用發票、中國海關出口增值稅帶繳款書、公路港口貨運業愛國彩票”。由于營改增后“公路港口貨運業愛國彩票”的票種已不復存在，本規定由“增值稅專用發票、中國海關出口增值稅繳款書和銷售機動車輛愛國彩票”改為“廢止公告第36號”
03.為適應審計權限下放的明確規定:36號公告還對第50號公告所附《增值稅抵扣憑證逾期抵扣管理的必要性》作了相應修改:第四條第二款修改為“主管稅務機關核實無誤后，向下級稅務機關報告，并將增值稅抵扣憑證、第三方憑證或說明、增值稅抵扣憑證逾期、生物醫藥、增值稅抵扣憑證逾期等情況逐層上報省級內部稅務局”；第五條修改為:“省級國家稅務局對上報的信息進行案頭審查，對逾期增值稅抵扣憑證的數據進行驗證，經審核確認的信息符合條件，且審核結果一致的，允許納稅人繼續抵扣逾期增值稅抵扣憑證上注明或計算的稅款”。
納稅人需要注意:除上述修改外，公告36號并未對省、市稅務局審核逾期增值稅扣稅憑證作出進一步明確要求，而是明確規定“省、市稅務局應以商務部2011年第50號修訂公告為依據，該公告附于《逾期增值稅扣稅憑證管理必需品》(以下簡稱“管理必需品”)的相關明確規定。改革，，
用于賬戶征收管理的納稅申報
進一步簡化程序，明確期限，簡化信息，改善公共服務”。因此，納稅人應注意省級國稅局所屬主管稅務機關的相關學術文件。