高新企業認證申請流程大致分為三塊。
一、前期準備
首先，不要急于去注冊高新技術企業認定管理工作網，要先通過高新技術企業認定工作指引比照企業是否符合認定標準，對于企業的弱項，比如：知識產權不足等進行補充后再進行注冊。
其次，企業對于各項資料的準備也可參考高新技術企業認定工作指引進行，如有疑問，可尋找專業人士進行準備。
最后，在各項材料準備基本完善的情況下注冊高新技術企業認定管理工作網。
二、中期申報
注冊成功后，按照高新技術企業認定管理工作網上需要的資料進行填寫，大概分為七個模塊。
1、企業基本情況；
2、知識產權概況；
3、人力資源狀況；
4、企業研究開發活動情況；
5、企業年度研究開發費用結構明細表；
6、上年度高新技術產品（服務）情況；
7、企業創新能力；
三、等待評審、公示
根據要求網上填寫完畢，到窗口遞交紙質材料，等到技術、財務專家評分，網站進行結果公示，公示期內無異議，正式成為高新技術企業。
四、領取各項優惠
根據不同區稅務局要求，帶著高新技術企業證書及其他相關材料到稅務局備案，在當年可享稅收優惠，資金補貼的話，一般在第二年進行發放，具體等通知。